Isoflavonoidide molekulaarne struktuur sarnaneb steroidse östrogeeniga (naissuguhormoon) ja seetõttu nimetatakse neid ka fütoöstrogeenid. Nende hormonaalne aktiivsus on aga 100–1,000 korda väiksem kui imetajaorganismis moodustunud östrogeen. Tänu nende keemilis-struktuurilisele sarnasusele naissoost hormoonid, isoflavonoididega toiduga allaneelatuna võib seonduda nn 2. tüüpi östrogeeni retseptoriga ja blokeerida selle endogeense östrogeeni jaoks. Vastavalt isoflavonoididega postmenopausis naistel, kellel on madal endogeense östrogeenitaseme tase, avaldub östrogeensem toime, samas kui menopausieelsetel naistel on isoflavoonidel antiöstrogeenne toime, blokeerides östrogeeni retseptoreid.
