Keskaju
Keskaju ajas on koht aju kus oluline kesknärviline refleks on aktiveeritud ja lülitatud. See on ka oluliste keskuste asukoht, mis moduleerivad ja koordineerivad motoorseid programme messenger-ainete (neurotransmitterite) abil. Dopamiin mängib siin olulist rolli.
Mõnel inimesel tootmine dopamiini on häiritud ja esineb motoorse oskuse vigu (Parkinsoni tõbi). Lisaks keskaju ja seejärel pikendatud selgroog on autonoomsete protsesside, näiteks hingamise, reguleerivad keskused kardiovaskulaarsüsteem ja veri rõhureguleerimine. Keskaju saab ka perifeerialt motoorikateavet, et see sünkroonida aju luua ühtsed liikumised koos väikepea.
Cerebellum
. väikepea moodustab aju ning tegeleb peamiselt keha motoorsete impulsside ja stiimulite moduleerimise, reguleerimise ja häälestamisega. Koos tasakaaluelund, väikepea on ülesanne säilitada tasakaal ja lihastoonuse koordineerimine. Nagu arvutis, viiakse väikeajusse teavet aju erinevatest osadest, töödeldakse ja arvutatakse ümber. Seega saab luua suunatud motoorse tegevuse. Ja lõpuks on väikeaju omistatud oma mootorilemälu“, Kuhu on salvestatud teatud sageli kasutatavad mootoriprogrammid.
Medulla oblongata
Piklikud selgroog (medulla oblongata) moodustab keskaju aju jätkumise ja sisaldab ka kesknärvi refleksiteede olulisi osi. Valdav osa nn ajunärvi tuumadest paiknevad ka pikenenud piirkonnas selgroog. Kraniaalne närve on perifeersed närvid, mis pärinevad otse ajust ja täidavad mitmesuguseid erinevaid ülesandeid. Seotud kolju tuumad närve koosnevad närvirakkude kogumist, mis on spetsialiseerunud närvi konkreetsele ülesandele ja asuvad peamiselt pikendatud seljaajus. Hingamise autonoomsete reguleerimiskeskuste ja vereringesüsteemi osad asuvad ka pikendatud seljaajus, mistõttu siin tekkivad vigastused pole sageli eluga kokkusobivad.
