Koroonaviiruse mutatsioonid

Mutatsioonid on normaalsed

Uute viirusvariantide tekkimine pole midagi ebatavalist: viirused – sealhulgas Sars-CoV-2 patogeen – muudavad replikatsiooni käigus korduvalt juhuslikult oma geneetilist materjali. Enamik neist mutatsioonidest on mõttetud. Mõned neist on aga viiruse jaoks kasulikud ja kinnistuvad.

Nii suudavad viirused kiiresti kohaneda keskkonna ja peremehega. See on osa nende evolutsioonistrateegiast.

WHO liigitab uued variandid järgmistesse kategooriatesse:

  • Jälgitavad variandid (VBM) – geneetiliste muutustega variandid, mis võivad tähendada suuremat riski, kuid mille mõju on veel ebaselge.
  • Huvipakkuv variant (VOI): variandid, millel on geneetilised tunnused, mis ennustavad suuremat edasikanduvust, vältides immuunsust või diagnostilisi teste või varasemate vormidega võrreldes raskemat haigust.
  • Suure tagajärjega variant (VOHC) – suure tagajärjega variant: variant, mille vastu praegused vaktsiinid kaitset ei paku. Siiani pole selles kategoorias SARS-CoV-2 variante olnud.

Viiruse variatsioonid on rühmitatud nn klaadideks või suguvõsadeks – seega registreerivad ja dokumenteerivad teadlased süstemaatiliselt "koroonaviiruse sugupuud". Iga varianti iseloomustatakse vastavalt selle pärilikele omadustele ja sellele määratakse täht-numbri kombinatsioon. Kuid see nimetus ei näita, kas konkreetne viiruse tüvi on ohtlikum kui teine.

Kuidas koroonaviirus muutub?

Koroonaviirusel on kaks võimalust "edukalt" areneda: see muutub nii, et see pääseb paremini inimese rakku, muutudes seeläbi nakkavamaks, või püüab "põgeneda" meie immuunsüsteemist, kohanedes:

Põgenemismutatsioon: need on muutused, mis võimaldavad koronaviirusel immuunsüsteemist "põgeneda". Seejärel muudab viirus oma välist kuju nii, et esialgse nakkuse või vaktsineerimise antikehad (juba moodustunud) on nüüd vähem võimelised seda "ära tundma" ja neutraliseerima. Seda nimetatakse ka "põgenemismutatsioonideks" või "immuunpõgenemiseks". Seega võib teine ​​​​nakkus muutuda tõenäolisemaks.

Kuidas viiruse variandid arenevad?

Mida kauem pandeemia kestab, seda rohkem on infektsioone, seda rohkem on koroonaviiruse variatsioone ja mutatsioone.

Koroona pandeemia on kestnud juba kaks aastat: 05. jaanuari 2022 seisuga teatas Johns Hopkinsi koroonaviiruse ressursikeskus (CRC) nüüd umbes 296 miljonist nakkusjuhtumist kogu maailmas.

Koronaviirusel on piisav võimalus koguda geneetilises materjalis mitmeid muutusi (variatsioone).

Need tohutud juhtumite arvud – ja sellega kaasnevad Sars-CoV-2 geneetilised muutused – kajastuvad suure hulga uute viirusevariantide nüüdseks ulatuslikus levikus:

Delta: B.1.617.2 sugupuu

Sars-CoV-1.617.2 deltavariant (B.2) levis viimastel kuudel (2021. aasta sügisel) kiiresti ka Saksamaal. See avastati esmakordselt Indias ja on jagatud kolmeks alamvariandiks, mis ühendavad mitmeid iseloomulikke muutusi.

Ühest küljest on need muutused naastuvalgus, mida peetakse inimraku võtmeks. Teisest küljest näitab B.1.617 ka muutusi, mida käsitletakse kui (võimalikku) põgenemismutatsiooni.

Täpsemalt ühendab B.1.617 muu hulgas järgmisi asjakohaseid mutatsioone:

Mutatsioon D614G: see võib muuta koroonaviiruse nakkavamaks. Esialgne modelleerimine viitab sellele, et see muudab B.1.617 vähemalt sama kergesti ülekantavaks kui väga nakkav alfavariant (B.1.1.7).

Mutatsioon P681R: teadlased seostavad seda ka tõenäoliselt suurenenud virulentsusega.

Mutatsioon E484K: on leitud ka beetavariandis (B.1.351) ja gamma variandis (P.1). Arvatakse, et see muudab viiruse vähem tundlikuks juba moodustunud neutraliseerivate antikehade suhtes.

Mutatsioon L452R: seda arutatakse ka kui võimalikku põgenemismutatsiooni. L452R mutatsiooniga koroonaviiruse tüved olid laborikatsetes teatud antikehade suhtes osaliselt resistentsed.

Seni Euroopas domineerinud deltavariant näib samuti olevat suurte sammudega tõrjutud välja väga nakkava omikroni variandi poolt.

Omikron: B.1.1.529 sugupuu

Omikroni variant on uusim koroonaviiruse mutatsioon, mis avastati esmakordselt Botswanas 2021. aasta novembris. Maailma Terviseorganisatsioon (WHO) on selle nüüd ametlikult klassifitseerinud uudseks probleemivariandiks.

Eris: EG.5 sugupuu

Koronaviiruse EG.5 variant on pärit Omikroni suguvõsast. Esmakordselt tuvastati see 2023. aasta veebruaris. Sellest ajast alates on see levinud erinevates riikides üle maailma ja domineerib paljudes kohtades nakkusmaastikul. Seda nimetatakse ka Eriseks, Kreeka ebakõlade ja tülijumalanna järgi.

EG.5 põlvneb omikroni variantidest XBB.1.9.2. ja XBB.1.5, kuid sellel on ka uudne mutatsioon spike-valgus (F456L). EG.5.1 alamliin kannab ka veel üht Q52H mutatsiooni.

Kas EG.5 on varasematest variantidest ohtlikum?

Seoses EG.5 tekkega kasvab taas koroonainfektsiooni juhtude arv ja koos sellega ka haiglaravi. Seni ei ole WHO andmetel haiguse raskusastme muutusi täheldatud. Seetõttu on WHO klassifitseerinud EG.5 huvipakkuvaks variandiks (VOI), kuid mitte probleemseks variandiks (VOC).

Sügiseks sobivad kordusvaktsiinid ei ole täpselt suunatud EG.5-le, vaid lähedalt seotud viirusliinile (XBB.1.5). Varased kliinilised uuringud näitavad, et revaktsineerimine on efektiivne ka EG.5 vastu.

Pirola: BA.2.86 sugupuu

Viiruse BA.2.86 variant on samuti omikroni derivaat. See erineb oma oletatavast eelkäijast variandist BA.2 34 uue mutatsiooni poolest spike-valgus, muutes selle varasematest vormidest sarnaselt erinevaks, nagu Omicron viimati oli.

Kui levinud on BA.2.86?

Seni on varianti leitud vaid üksikutel inimestel. Siiski tehakse praegu üldiselt vähe katseid. Eelkõige on haruldased üksikasjalikud testid, mis määravad kindlaks konkreetse viiruse variandi. Asjaolu, et teadaolevad juhtumid on pärit kolmelt kontinendilt (Põhja-Ameerika, Aasia ja Euroopa) ega ole otseselt seotud, viitab Pirola juba märkamatult levima.

Kas BA.2.86 on ohtlikum kui eelmised variandid?

Kas kohandatud vaktsiinid on tõhusad BA.2.86 vastu?

Alates septembrist saadaolevad vaktsiinid on optimeeritud XBB.1.5 variandi jaoks. Selle piigivalk erineb Pirola omast 36 sektsiooni poolest. Seetõttu väheneb tõenäoliselt kaitse infektsioonide vastu. Kuid eksperdid usuvad, et kaitse raskete kursuste eest on endiselt olemas.

Muud teadaolevad viiruse variandid

Samuti on välja töötatud täiendavad Sars-CoV-2 viiruse variandid, mis erinevad metsiktüübist, kuid eksperdid ei klassifitseeri neid praegu lenduvate orgaaniliste ühendite hulka. Neid viirustüvesid nimetatakse huvipakkuvateks variantideks (VOI).

Pole veel selge, milline mõju võib nendel esilekerkivatel VOIdel pandeemiale olla. Kui need kinnitavad juba ringlevate viirustüvede vastu ja võidavad nende üle, võiks ka neid täiendada vastavateks lenduvate orgaaniliste ühenditega.

Erilist huvi pakkuvad variandid

  • BA.4: Omicroni alatüüp, avastati esmakordselt Lõuna-Aafrikas.
  • BA.5: Omicroni alatüüp, avastati esmakordselt Lõuna-Aafrikas.

Variandid seire all

Laiendatud fookuses on nn "seire all olevad variandid" (VUM), kuid nende kohta napib endiselt usaldusväärseid süsteemseid andmeid. Enamikul juhtudel on saadaval ainult tõendid nende olemasolu kohta. Nende hulka kuuluvad nii juhuslikult esinevad variandid kui ka juba teadaolevate mutatsioonide "modifitseeritud" järeltulijad.

ECDC andmetel hõlmavad need haruldased VUM-id praegu:

  • XD – variant tuvastati esmakordselt Prantsusmaal.
  • BA.3 – Omikroni variandi alatüüp, avastati esmakordselt Lõuna-Aafrikas.
  • BA.2 + L245X – teadmata päritoluga omikronvariandi alatüüp.

Viiruse alandatud versioonid

Sama dünaamiliselt kui käimasoleva koroonapandeemia nakkusjuhtumid arenevad, on ka pandeemia erinevates faasides levinud viirusevariantide teaduslik mõistmine ja hindamine.

Alfa: B.1.1.7 sugupuu

Koronaviiruse variant Alpha (B.1.1.7) on ametnike sõnul Euroopas vaevu enam levinud. Alfa tuvastati esmakordselt Ühendkuningriigis ja alates Kagu-Inglismaalt on see alates 2020. aasta sügisest üha enam levinud üle Euroopa mandri.

B 1.1.7 liinil oli 17 mutatsiooniga silmatorkavalt palju geenimuutusi. Mitmed neist mutatsioonidest mõjutasid teravikvalku – väga oluliselt, sealhulgas N501Y mutatsioon.

Arvatakse, et B.1.1.7 oli umbes 35 protsenti nakkavam kui metsiktüüpi Sars-CoV-2, samuti suurenes täheldatud suremus nakatumisest (ilma eelneva vaktsineerimiseta). Olemasolevad vaktsiinid andsid aga tugeva kaitse.

Alfa väheneb tugevalt kokkuleppel ametlike asutustega (nii ECDC, CDC kui ka WHO).

Beeta: B.1.351 sugupuu

Mutant arenes tõenäoliselt välja Lõuna-Aafrika elanikkonna suure viirusega nakatumise tagajärjel. Lõuna-Aafrikas registreeriti ulatuslikud koroonapuhangud juba 2020. aasta suvekuudel. Tõenäoliselt leidis viirus hüppeliselt levimiseks ideaalsed tingimused eelkõige linnades.

See tähendab, et väga paljud inimesed olid Sars-CoV-2 algse vormi suhtes juba immuunsed – viirus pidi muutuma. Teadlased nimetavad sellist olukorda evolutsiooniliseks surveks. Selle tulemusel valitses uus viirusevariant, mis oli algvormist parem, kuna on muu hulgas nakkavam.

Esialgsed andmed viitavad sellele, et Comirnaty vaktsiinil on kõrge efektiivsus ka B.1351 liini vastu. Teisest küljest võis VaxZevria efektiivsus olla vähenenud, vastavalt autorite Madhi jt esialgsele avaldusele.

Beeta on ametlike agentuuridega (nii ECDC, CDC kui ka WHO) kokkuleppel tugevalt vähenemas.

Gamma: P.1 rida

Teine LOÜ nimega P.1 – varem tuntud kui B.1.1.28.1, nüüd nimega Gamma – avastati esmakordselt Brasiilias 2020. aasta detsembris. P.1 genoomis on ka oluline N501Y mutatsioon. Seega peetakse P.1 viiruse tüve väga nakkavaks.

Gamma arenes ja levis algselt Amazonase piirkonnas. Variandi levik langeb kokku Covid-19-ga seotud haiglaravi järsu kasvuga selles piirkonnas 2020. aasta detsembri keskel.

Gamma väheneb järsult kokkuleppel ECDC, CDC ja WHO ekspertidega.

Edasised deeskaleeritud variandid

Kuigi nüüdseks on teatavaks saanud suur hulk uudseid viirusevariante, ei tähendanud see automaatselt suuremat ohtu. Selliste variantide mõju (globaalsele) infektsiooni esinemissagedusele oli väike või need olid alla surutud. Need sisaldavad:

  • Epsilon: B.1.427 ja B.1.429 – esmakordselt avastati Californias.
  • Eta: tuvastatud paljudes riikides (B.1.525).
  • Teeta: varem tähistatud P.3, nüüd alandatud, avastati esmakordselt Filipiinidel.
  • Kappa: esmakordselt avastati Indias (B.1.617.1).
  • Lambda: esmakordselt avastati Peruus 2020. aasta detsembris (C.37).
  • Mu: esmakordselt avastati Colombias 2021. aasta jaanuaris (B.1.621).
  • Iota: esmakordselt avastati USA-s New Yorgi suurlinnapiirkonnas (B.1.526).
  • Zeta: varem tähistatud P.2, nüüd alandatud, avastati esmakordselt Brasiilias.

Kui kiiresti Sars-CoV-2 muteerub?

Tulevikus jätkab Sars-CoV-2 kohanemist mutatsioonide kaudu inimese immuunsüsteemi ja (osaliselt) vaktsineeritud populatsiooniga. Kui kiiresti see juhtub, sõltub suuresti aktiivselt nakatunud populatsiooni suurusest.

Mida rohkem on nakatumise juhtumeid – piirkondlikult, riiklikult ja rahvusvaheliselt – seda rohkem koroonaviirus paljuneb – ja seda sagedamini esinevad mutatsioonid.

Võrreldes teiste viirustega, muteerub koroonaviirus aga suhteliselt aeglaselt. Sars-CoV-2 genoomi kogupikkusega umbes 30,000 XNUMX aluspaari eeldavad eksperdid ühte kuni kahte mutatsiooni kuus. Võrdluseks, gripiviirused (gripp) muteeruvad samal perioodil kaks kuni neli korda sagedamini.

Kuidas saan end kaitsta koroonaviiruse mutatsioonide eest?

Te ei saa end konkreetselt kaitsta üksikute koroonaviiruse mutatsioonide eest – ainus võimalus on mitte nakatuda.

Kuidas koronaviiruse mutatsioone tuvastatakse?

Saksamaal on tsirkuleerivate Sars-CoV-2 viiruste jälgimiseks tihe aruandlussüsteem – seda nimetatakse integreeritud molekulaarseks seiresüsteemiks. Selleks teevad vastavad tervishoiuasutused, Robert Kochi instituut (RKI) ja spetsialiseeritud diagnostikalaborid tihedat koostööd.

Kuidas aruandlussüsteem mutatsioonikahtluste korral töötab?

Esiteks tuleb igast professionaalselt tehtud positiivsest koronaviiruse testist teavitada vastavat rahvatervise osakonda. See hõlmab koroonaviiruse teste, mis tehakse testimiskeskuses, teie arsti juures, apteegis või isegi valitsusasutustes, näiteks koolides. Privaatsed enesetestid on aga sellest välja jäetud.

Enesetestimiseks mõeldud koroonaviiruse kiirtestide kohta lisateabe saamiseks vaadake meie Corona enesetestimise teemat.

Seejärel võrdleb RKI esitatud andmeid ja järjestuse analüüsi tulemust pseudonüümitud kujul. Pseudonüüm tähendab, et konkreetse inimese kohta ei ole võimalik järeldusi teha. See teave on aga teadlastele ja tervishoiusüsteemis osalejatele andmebaasi, et saada täpset ülevaadet olemasolevast pandeemiaolukorrast. See võimaldab olukorda parimal võimalikul viisil hinnata, et tuletada (vajadusel) poliitikameetmeid.

Mis on sekveneerimisgenoomi analüüs?

Genoomi järjestuse analüüs on üksikasjalik geneetiline analüüs. See uurib üksikute RNA ehitusplokkide täpset järjestust viiruse genoomis. See tähendab, et Sars-CoV-2 genoom, mis koosneb ligikaudu 30,000 XNUMX aluspaarist, dekodeeritakse ja seda saab seejärel võrrelda metsiktüüpi koroonaviiruse genoomiga.

Ainult sel viisil saab üksikuid mutatsioone molekulaarsel tasemel tuvastada – ja määramine "koronaviiruse sugupuu" raames on võimalik.

See teeb ka selgeks, et mitte kõik maailma riigid ei suuda konkreetsete koroonaviiruse variantide täpset levikut üksikasjalikult jälgida. Seetõttu on tõenäoline teatav ebakindlus olemasolevates aruandlusandmetes.