Sest melatoniini metaboliseerub peamiselt CYP1A kaudu ensüümide, võib see suhelda ravimid mis samuti metaboliseeruvad või pärsivad CYP1A.
CYP1A inhibiitorite hulka kuuluvad östrogeenid kujul rasestumisvastased vahendid ja hormoonasendusravi (TEMA) või antidepressant fluvoksamiin. Kasutamine samaaegselt melatoniini CYP1A inhibiitoritega põhjustab melatoniini liigset sisaldust. Nikotiin kuritarvitamine omakorda vähendab melatoniini tasemed.
