Järgmised sümptomid ja kaebused võivad viidata Jaapani entsefaliidile:
- Kerge gripp-sarnane haigus - enamikul juhtudel.
Meningoentsefaliit* (esinemissagedus: 1 250 nakkusest).
- Umbes igal 250. infektsioonijuhul.
- Suur palavik, tavaliselt 10 päeva.
- Üldine haigusetunne
- Tsefalgia (peavalu)
- Iiveldus (iiveldus) / oksendamine
- Teadvuse häired
- Krambid
- Refleksihäired
- Segadus
- Käitumuslikud muutused
- Treemor (raputamine)
- Parees (motoorne halvatus)
- Söömishäired
- Kooma
* Kombineeritud aju põletik (entsefaliit) Ja meninges (ajukelmepõletik) Letaalsus (suremus haiguse all kannatavate inimeste koguarvu suhtes) kesknärvisüsteemi osaluses on 30–35%. Lapsed ja eakad haigestuvad haigusesse suurema tõenäosusega.