Rafineerimine on nii keemiline kui ka füüsikaline protsess, mis muudab soola ja suhkurnäiteks rafineeritud ja täiesti puhtaks aineks. Nende algsest saastunud vormist on sool ja suhkur - puhastatakse korduva kuumutamise ja pesemise ning puhastamise teel saasteainete eemaldamiseks ja raskemetallid. Protsessi käigus ei saa vältida toitainete ja elutähtsate ainete (makro- ja mikrotoitainete) kadu, kuna need eemaldatakse koos teiste toidukomponentidega, mis on kadunud nende vastuvõtlikkuse tõttu kuumusele ja vesivõi halvenenud. Keemilisest küljest saastunud loodusliku soola rafineerimisel puutub see kokku üle 200 kemikaaliga, kuumutatakse ja pestakse mitu korda, nii et see on kuni 100% puhas ning vaba keskkonna saasteainetest ja mürgistest metallidest. Selles sisalduvatest looduslikest ainetest on ainult ülipuhas kemikaal naatrium kloriid jääb siia. Eeldada võib toitainete ja elutähtsate ainete märkimisväärset kadu. Naatrium kloriid pole meie jaoks enam kasutatav ja on seetõttu rakumürk. See koormab ja kahjustab keha. Üle, naatrium kloriid vastutab erinevate tervis häired. Näiteks aja jooksul neerreguleerimisvõime naatriumkloriid võib väheneda, mille tulemuseks on vesi ja sool kehas [2.1]. Selle tagajärjed võivad omakorda olla hüpertensioon (kõrge vererõhk), süda ja neer haigused ja apopleksia (insult). Taimeõli rafineerimine, mis eemaldab pestitsiidide jäägid, lõhnad, maitsed ja värvained, põhjustab a E-vitamiin kaotus 70%.
Teravilja jahvatamisel valgeks täisterajahuks, ilma marginaalsete kihtide ja idude ühiskasutuseta, ning kui riis kooritakse ja poleeritakse, E-vitamiin ja B vitamiinid, enamus mineraalid ja mikroelemendid kannatada 50–95% -lise kahjumiga. Tegelikult on tera marginaalsetes kihtides eriti palju mikrotoitaineid, kuid need jõuavad jäätmetesse või loomasöödaks. Teravilja välimine kiht on tera kõige olulisem allikas vesi-lahustuv ja kuumustundlik B1-vitamiin, mis jahvatamisel täielikult elimineeritakse. Selle hädavajaliku vitamiini puudus ilmneb tahhükardia (südamepekslemine), närvilisus ja mälu kaotus. Rafineeritud suhkur on ka ainult energiat, kuid vaevalt muid toitaineid ja elutähtsaid aineid. Looduslik täisroosuhkur sisaldab 600–1,000 mg kaalium, kusjuures rafineeritud suhkur sisaldab ainult 3-5 mg mineraali. Algne 60-120 mg magneesium on rafineerimise teel täielikult kadunud. Samuti on arvukatest vaevalt midagi alles vitamiinid - vitamiinid A, B1, B2, B6 - samuti mineraalid ja mikroelemendid nagu fosfor, raud ja mangaan pärast seda töötlemist. Kui hädavajalik mikroelemendid mangaan, tsink ja seleen puuduvad, on kogunenud raskemetallid meie kehas, kuna nimetatud olulistel mikroelementidel on oluline tähtsus endogeensete sünteesil või funktsioneerimisel antioksüdant ensüümide. Vastupidiselt elutähtsate ainete (mikrotoitainete) kadumisele jääb toidu kalorite sisaldus samaks, mille tulemuseks on toiduainete optimaalsest ainevahetusest vähem, sest toitained ja elutähtsad ained osalevad kõigis olulistes ainevahetusreaktsioonides üheaegselt. Seetõttu on meie toidu optimaalne ainevahetus sageli piiratud.
